Ich denke mal, wenn die MP3s mit korrekten Metadaten in Form von ID3-Tags versehen sind, dann gibt es Möglichkeiten dazu, ansonsten gibt es da noch die Möglichkeit über sog. akustische Signaturen. Bei diesen Programmen die über akustische Möglichkeiten funktionieren sind mir keine bekannt welche günstig oder kostenlos wären.
Ich verwende selber kein Clipinc.
Falls die Titelnamen in den Tags der MP3s vorhanden sind, dann gibt es die Möglichkeit z.B. über
MP3Find doppelte Musikstücke zu finden.