So mit dem MPEG-TS ging alles wunderbar mit TSMuxer.
Jetzt wollt ic das mal mit einer .mkv probieren und da hab ich ein paar probleme gehabt aber auch gelöst.
1.) .mkv extrahiert (mit mkvtools)
raw 264 + ac3
2.) audio in AAC umgewandelt mithilfe von BeSweet
3.) MeGUI zum MP4 Muxxen genommen
EDIT: MP4Box ging doch nicht wirklich, egal dafür geht es mit MeGUI
Danke an euch für die hilfe