Diese neue Option ermöglicht das Verwenden vom File System des Betriebssystems zum Lesen von einer DVD. Was genau ist das? Soll man diese Option einschalten und was zu was ist sie gut???

Lies doch mal die letzten changelogs, dann ergibt sich die Antwort quasi von selbst:

Version 2.9.1.7 2008 04 09
- New: CloneDVD no longer uses the Windows filesystem, when reading
from a Video DVD. It has now its own UDF parser / reader.
Discs which cannot be read by Windows can now be copied with CloneDVD.

Version 2.9.1.8 beta + Version 2.9.1.9
- New: Added option to switch back to Windows filesystem for reading from a Video DVD

switch back = zurückschalten auf den Modus so wie es vor der 2.9.1.7 war (nämlich Windows filesystem)

Da der eigene UDF parser /reader (also ohne Windows filesystem) erst in Version 2.9.1.7 eingeführt worden ist, kann man nicht sagen, ob es damit Probleme gab oder geben könnte (höchstens der Hersteller vielleicht).
Falls es damit Probleme geben sollte, kann man nun ggf. auf die alte Methode zurückschalten = switch back.

Der neue eigene UDF parser / reader sollte aber eigentlich besser sein, weil er eben nicht auf Windows angewiesen ist und eben auch von Windows nicht erkannten Discs lesen kann.
Wie gut der ist, kann nur die Zukunft zeigen.

Der Normal-Nutzer sollte sich darüber aber keinen Kopf zerbrechen.
Viel wichtiger wäre die Überlegung das Programm besser garnicht zu benutzen.
Zumindest nicht zum Transkodieren (wegen der schlechten Qualität).
Sondern lediglich zum Re-Authorn (Weglassen) und eben nur 1:1.
Fürs Transkodieren ist DVDShrink/Recode (deepanalysis + maxsharp) die qualitativ wesentlich bessere Wahl !

Der interne UDF parser / reader ist ja die Voreinstellung nach der Installation.
Ich hatte mittlerweile 3 Fälle in denen ich DVDs nicht einlesen konnte.
CloneDVD 2.9.2.2 erkennt einen Fehler und kann nicht weiter lesen fordert auf die DVD zu reinigen jedoch ohne Erfolg - liest sich quasi an einem Sektor fest.

Diese DVDs liessen sich dann jedoch doch noch einlesen nachdem ich auf den Zugriff über das Windows filesystem umgestellt hatte.
Es lief dann ähnlich:
An einigen Stellen (Sektoren) erkennt CloneDVD 2.9.2.2 einen Fehler und kann nicht weiter lesen fordert auf die DVD zu reinigen diesmal mit Erfolg.
Teiweise musste ich auch zweimal auf "Wiederaufnahme" (des Lese-Vorgangs) klicken.
CloneDVD konnte dann Stück für Stück (sichtbar am Sektoren-Fortschritt) es dann doch noch korrekt einlesen.

Der UDF parser / reader hat zudem den Nachteil das CloneDVD nicht anzeigt welches VOB es konkret gerade einliest.
Beim UDF parser / reader steht als Info immer nur Videoset 1.1.vob (oder so ähnlich).
Bei Zugriff über das Windows filesystem kriegt man eine konkrete VOB Angabe.
Das hat auch den Vorteil, dass man genau weiß an welchem VOB es tatsächlich hakt und man eventuell mit einem anderen Tool nur dieses VOB auslesen kann (anstatt nochmal alles komplett).
Das geht natürlich nur, wenn man nicht irgendwelche Titel oder Kapitel in CloneDVD wegschneidet

Und es bleibt für mich dabei:
CloneDVD nicht zum Transkodieren, sondern nur zum Einlesen/Titel entfernen benutzen (-> transcoder is deactivated im Log-Fenster).

Also für mich (Lite-On DH-20A4P als Lese-Laufwerk unter Windows XP Pro SP2) funktioniert der CloneDVD interne UDF parser / reader schlechter als der Zugriff über das Windows filesystem.