Die Lücken an sich sind nicht das Problem.
Dazu mal folgendes Beispiel zum Nachmachen:
Nehmt ein MP3 File eurer Wahl (z.B. LAME VBR) und teilt es in zwei Stücke z.B. mit MP3 Splitter & Joiner 3.3 (Trial Version) oder anderen.
Wichtig ist nur, dass das File exakt gesplitted wird !
Wenn ihr die einzelnen Teile in einem Audio Editor öffnet (nach WAV dekodiert), dann zeigen sich am jeweiligen Anfang und Ende die Lücken.
Wenn ihr die beiden MP3 Teile jedoch mit z.B. MP3 Merge (freeware)
http://www.komkon.org/~shchuka/software/mergemp3/
erneut zusammenfügt, dann bekommt ihr wieder ein lückenloses Ganzes, weil diese Lücken (Stille) automatisch entfernt werden.
Die eigentliche Ursache für das Problem ensteht eher beim Enkodieren der gerippten (lückenlosen) WAV als einzelne Tracks nach MP3.
Die ersten und letzten kodierten Frames sind zwangsläufig fehlerbehaftet.
Und dadurch das bei einem durchgängigen Live-Konzert oder ähnlichem (z.B. Konzept-Album) es nunmal eben auch auf die allerletzten Frames ankommt, entstehen beim Zusammenfügen die kleinen Lücken.
Da hilft tatsächlich nur das Rausschneiden dieser Lücken mit Augenmaß mit MP3DirectCut um einen halbwegs glatten Übergang hinzubekommen.
Also entweder arbeitet man mit mehreren Instanzen von MP3DirectCut um die einzelnen Teile zusammenzufügen oder man fügt die Teile vorher mit MP3 Merge zusammen und schneidet dann in MP3DirectCut nur noch die Lücken raus (die letztgenannte Methode sollte schneller zum Ziel führen).
Diese ganze Handarbeit könnte man sich sparen, wenn man Live-Alben und eben alles durchgängige Material eben auch komplett von WAV nach MP3 kodieren würde und erst danach entsprechend der originalen Track Struktur in einzelne MP3 Files schneiden würde.
Mit diesem Ansatz wäre das spätere lückenloses Zusammenfügen kein Problem und das gilt sogar für VBR !