Versuch mal einen Audio-Editor wie Audacity oder Cool Edit 2000 und such dort in den von der defekten CD gerippten Audiodateien die Aussetzer - sie müssten als gerade Linie ohne Ausschlag sichtbar sein (musst stark reinzoomen) - diese dann markieren, löschen und die Datei unter neuen Namen speichern und probehören. Wenn alles in Ordnung ist, die neuen Dateien als neue Audio-CD brennen.
Ist zwar etwas Arbeit, aber so sollte es sicher funktionieren. Bedingung ist natürlich, dass die Lücken nur eingefügt sind und nicht durch "weglassen" von Musikinformationen entstanden sind.
Audacity gibt es kostenlos hier:
http://audacity.sourceforge.net/