Geht auch einfach mit CloneDVD2: Bei der Titelauswahl einfach auf "Filmvorschau" klicken und dann auf das Scheren-Symbol. Unter dem Filmfenster sieht man dann eine orangefarbene Linie und 2 eingrenzende blaue Dreicke links und rechts, mit denen man eben Anfang und Ende des Films einstellen kann. Damit kannst du dann z.B. auf die erste DVD Kapitel 1-10 kopieren und auf die zweite DVD Kapitel 11-Ende.
Ich hab das mal auf diesem Screenshot verdeutlicht: